Kaltsiit on looduses laialt levinud.
Madalates meredes või järvedes sadestub see sageli, moodustades ulatuslikke lubjakivikihte.
Põhjavesi võib lahustada lubjakivi ja reformida ka kaltsiiti, näiteks stalaktiite, stalagmiite ja travertiini. Veetaseme lähedal pinnases aktiivne põhjavesi moodustab sageli teatud horisontaaltasapinnal jaotunud kaltsiidisõlmekesi; geoloogid nimetavad neid tavaliselt lubjarikasteks sõlmedeks.
Hüdrotermiline aktiivsus moodustab sageli kaltsiidisoone, millest mõned sisaldavad mineraale ja mõned mitte. Geoodides leidub sageli-vormitud kristalle.
Magmaatilise aktiivsusega moodustunud karbonaatides moodustab kaltsiit tavaliselt umbes 80%.
Lisaks toimib kaltsiit ka tsemendina klastilistes settekivimites ja mineraalina, mis on saadud põhiliste tardkivimite muutumisel, andes oma panuse erinevatele kivimitele. Põhjavee aktiivsuse tõttu täidavad kaltsiidisooned sageli erinevate kivimite lõhesid.
Settimisel moodustunud lubjakivi läbib sageli regionaalset või kontaktset moonde, mille käigus selles sisalduv kaltsiit rekristalliseerub, moodustades jämedamad kaltsiidiagregaadid{0}}marmor.
